Für Auswahl von Draw, Fill, Mag und Duplicate Funktionen wurde HandleConrtoller entwickelt. DasTool ist aus Menu Plugins>utilities> Handle Controller... sowie Edit>Option> Handle Controller... ,  und aus "Gel Analyzer Toolbar" mit  (Set ROI-Taste) aufrufbar.

Analyzer

Verwenden Sie die Befehle in der Menübar "Gel Analyser", um eindimensionale Elektrophorese-Gele zu analysieren. Die in dieser Menübar aufgeführten Befehle sind:

1: SH (Smoth Image) Taste zur Filterung des Bildes.

2: SB(Scale Bar) Taste zur Platzierung von Scale Bar.

Scale Bar ist neu überarbeitet. Man kann es beliebig auf der Bildfläche platzieren.

3: Remove Overlay (Remove Overlay) Taste zum Löschen von Overlay Objekten.

4: Undo (undo Funktion) führt zurück zur vorherigen Aktion.

5: SR (Set ROI)  Taste zur Erzeugung einer rechteckigen Auswahl.

6: FL (First Lane) FL erfordert eine rechteckige Auswahl.
7: NL (Next Lane ) Falls Sie NL drücken, ohne ROI neu zu positionieren, wird die Auswahl um die Auswahlbreite erweitert; anderenfalls wird nur die neu positionierte Auswahl markiert. Bitte beachten Sie, dass jede Auswahl die gleichen Abmessungen haben muss.
8: PL (Plot Lane) generiert die Lane Profilplots. ImageJ2x geht davon aus, dass nur ein Plot pro Analyse erstellt wird. Bei Wiederholung wird eine Fehlermeldung herausgegeben.                   
9: RL (Replot Lane) ist die Ausgabe eines wiederholten PL-Befehls, jedoch ohne Fehlermeldung, falls der PL-Befehl ausgeführt wurde.

10: LP (Label Peaks) ist die Flächenmessung mit dem Zauberstab-Werkzeug, um Lane-Spitzen zu kennzeichnen. 
11: RS (Reset) setzt die Analyse zurück.
12: Opt (Option) Verwenden Sie diesen Dialog, um das Verhalten des Gel Analyzer zu steuern.

Bei Aktivierung Composite Plot erscheint das Ergebnis unter LUT Anwendung mit Thresholdadjuster auf dem Bildausschnitt (Viereckauswahl ohne Lücken) in horizontaler bzw. vertikaler Richtung. Die Schwell-Werte lassen sich ebenfalls sichtbar machen sowie die Auswahl der Kalibrierung und der Lane Nummer.

Der vertikale / horizontale Skalierungsfaktor gibt den Maßstabsfaktor an, bei dem die Laneprofil-Plots angezeigt werden.

13: PP (Plot Profile) zeichnet Profile.

14:POP (Plot Profile Option) Verwenden Sie diesen Dialog, um das Verhalten des Plot Profiler zu steuern. Automatisches Schliessen, Auswahl der vertikalen / horizontalen Profile Plot, Interpolation der Profiles Linien, Rasterlinien, Invert Peaks.

15: i (Info) Bildinformationen.